種子的萌發跟適宜的水、氧氣、溫度或光照等環境因子息息相關，不同種子萌發所需環境不同，以前人們只能采取一些措施來促使種子發芽，比如春天種子發芽時，在發芽的地面上鋪上一層稻草，來起到提高溫度的效果，如今種子發芽室可以設定各個實驗段運行時間、溫度、濕度、光照值。可顯示實驗周期（天數），運行時間、實際溫濕度值（自動加濕除濕）、設定溫濕度值、剩余時間和光照級別。箱內采用的是風道式通風，工作室風速柔和，溫濕度均勻，更加有利于種子的發芽，滿足了種子發芽的一切要求，種子發芽不再是問題了。

  不過在使用智能種子發芽室的時候要注意以下五點：
　一是種子發芽箱雖是采用微電腦控制技術、人工模擬自然生態環境的新型試驗設備，但箱內各層的溫度存在差異，同一層的里面和外面的溫度也存在差異，那些容積較大的培養箱內的各部位的溫度均是存在一定的差別的，在使用時應引起高度重視。
　二是從測量結果來看，光照培養箱的最上一層溫度并不是最高的，箱體中部的溫度較高。
　三是種子發芽箱體內實際溫度與箱體顯示溫度和設定溫度之間都存在差異，箱體內實際溫度一般都小于箱體顯示溫度和設定溫度，在實際工作中需用溫濕度記錄儀來校正。
　四是樣品數量較少和做水稻發芽檢測等體積較小的實驗時，應多使用容積較小、溫度較均勻的精密種子發芽箱。
　五是樣品數量較多和做體積較大的實驗時需使用RTOP-1000D等容積較大，溫度難均勻的光照培養箱時，應特別注意兩點。一是按照實驗對象對溫度的要求不同來進行合理的放置，以確保箱內的溫度都能夠滿足不同作物的需求。二是最上一層和最下一層最好不要放置樣品。若樣品數量較多且必須使用時，應定時將最上一層和最下一層的樣品與中間溫度較高區域的樣品調換，以使各區域的樣品能同步發育，在規定的初/末次計數天數內完成檢測工作。

　在使用的過程中注意以上幾點就可以避免因箱內的溫濕度變化而導致植物種子不能正常的發芽。