雜交稻種子因其生理特性與常規早稻有差異，若按傳統的技術浸種催芽，會使種子發芽率低，出苗不整齊，不易培育壯秧。種子發芽率可以借助數粒儀來進行測定，數粒儀有電子自動數粒儀和光電自動數粒儀。因此，雜交稻種子在浸種催芽過程中需注意以下幾個問題：

一、浸種前不宜曬種。常規稻種子浸種前，常常要求曬種1-2天。而雜交稻曬種后接著浸種，發芽率一般要降低5-10%，對于那些生活力弱的種子，曬種的負面影響更大。而且雜交稻忌冷水浸種，因冷水浸種會使種子受凍，導致發芽率下降，且惡苗病發生嚴重。用溫水浸種時，水溫不能太高，以36℃左右為宜。         

二、要選種分級。雜交稻種子，一般在種子收獲季節會因天氣影響而芽口較多，種子的整齊程度與常規稻會有不同，因此，對雜交稻種子中的芽谷、半壯谷一定要單獨選出，與飽滿種子分別浸種、催芽及育秧，有利于利用稻種和培育壯秧。選種分級的方法是：用30%的泥水選種后將浮在上面的種谷撈出另裝，分別洗凈即可。

三、忌用高濃度強氯精液浸種。高濃度的強氯精會強烈抑制種子發芽。用強氯精浸種消毒，一般用10克強氯精兌水5公斤，浸種3.5公斤，浸泡8小時左右；或者用80%抗菌劑“402”5克兌水5公斤，浸種3.5公斤，浸泡10小時。上述兩種藥劑在浸泡種谷之后，均要用清水洗凈種谷后再催芽。

四、忌浸種時間過長。雜交稻種子若浸種時間過長，會造成種子缺氧，妨礙種子的正常呼吸，使種子胚部細胞遭受損害，降低生活力，不能長成壯苗；浸種時間過長，還會破壞細胞膜結構，當水分大量涌進細胞時，使細胞內部水溶物加速外滲，給微生物的活動造成有利條件，導致雜交稻種子糖發酵而喪失發芽能力。因此，雜交稻種子采用溫水浸種不能超過12小時，應采用一浸多洗法，即先用30-35℃的溫水保溫浸種12小時，然后上堆催芽（注意保溫），以后每天洗種3-4 次，每隔5-8小時用溫水洗1次。注意裝種子催芽的器具要能漏水。

五、忌高溫破胸。雜交稻種子怕熱，高于37℃時就會嚴重抑制種子發芽，高于40℃時種子發芽會被完全抑制。因此，每隔5-8小時洗1次種就是防止種子發燒造成高溫。洗種同時具有給種子供水等作用。因此，雜交稻種子最好采用保溫催芽方法。其方法有溫室催芽法和煤灰催芽法等。煤灰催芽簡單易行，其操作方法是：浸種后用溫水淘種，以提高種子溫度，然后與煤灰拌和催芽。所用煤灰要選用燒過不久的新鮮煤灰，要過篩去掉粗粒和雜質，并用開水均勻淋濕至手捏成團、拋之即散，趁熱與種谷拌和成堆或裝入適當的容器（如籮筐、木桶等），外面用稻草等保濕材料覆蓋和用薄膜包裹。一般是5公斤煤灰拌種谷4-5公斤。催芽一晝夜即可長出根芽，以后再翻拌1-2次，即可連同煤灰一起播種。