淀粉是谷物籽粒中含量最豐富的碳水化合物，借助直鏈淀粉分析儀的檢測可以發現，玉米中包含了25%直鏈和75%左右的支鏈淀粉；木薯淀粉中直鏈淀粉含量通常在17%-20%，木薯淀粉的直鏈分子中并非完全沒有支鏈，但其支鏈值低于玉米、馬鈴薯、大米和小麥。跟總淀粉含量不同的是，直鏈和支鏈淀粉的各自所占的百分含量決定了食品原料和工業應用中不同的加工性能。

    玉米淀粉與木薯淀粉相比存在很多的共性需求，但玉米淀粉由于指標以及性能上的差異，導致在一些領域無法完全替代木薯淀粉。例如在一些高端的食品、造紙以及變性淀粉領域，木薯淀粉的剛性需求還是比較穩定的。即使玉米淀粉價格遠低于木薯淀粉，價格并不是衡量兩者替代關系的唯一因素。另一方面，去年曾經有段時間玉米淀粉明顯高于木薯淀粉，部分淀粉糖企業曾考慮用木薯淀粉替代玉米淀粉在淀粉糖行業進行生產，但實驗結果表明，目前國內工藝尚不能完全成熟地利用木薯淀粉轉化為淀粉糖。
    以食品來距離玉米淀粉無法完全替代木薯淀粉。木薯淀粉在食品方面是作增稠劑和穩定劑，它對食品的食味沒有什么貢獻，能夠完整、直接地呈現食物自身的味道。木薯淀粉以其質地、穩定性等物理性質以及對原食品的食味影響小而長期用于嬰兒食品。這些特殊性能是玉米淀粉以及其他淀粉很難達到的。